272マイルのビーチを超えて、プエルトリコは豊かな自然と科学の魅力を楽しんでいます。 プエルトリコは自然保護区の本拠地であり、その多くはプエルトリコの保護トラスト、1970年にプエルトリコと米国政府によって設立されたザトラストの保護下にあり、連邦の20の自然と歴史的な地域を保護および管理しています。
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プエルトリコの東部地域を訪れるほとんどの人（そしてサンファンがここにいるので、多くの人が訪れます）は、28, 000エーカーのエルユンケ熱帯雨林 、ユネスコ世界生物圏保護区、米国国立森林システムで唯一の熱帯雨林も訪れます。 エルユンケは「雲の森」を意味し、タイノスピリットユキユにちなんで名付けられました。 生物多様性で知られています。240種の木が生息し、そのうち23種は世界のどこにも見当たりません。 ここでは、多くの訪問者が滝、ハイキング、ピクニック、キャンプで泳いでいます（許可を得て）。 エルポータルレインフォレストセンターでは、教育展示と劇場を提供しています。
ファハルドのラスカベサスデサンファンは、マングローブ、ラグーン、崖、ケイが特徴の316エーカーの自然保護区です。 島の北東端に位置するラスカベサスからは、大西洋の景色と、19世紀のスペインの植民地時代の灯台であるエルファロの景色を一望できます。
また、この地域では、PiñonesForestには遊歩道があり、訪問者がマングローブと松の間を進むコースを設定しています。
プエルトリコの北部では、 Reserva Natural Laguna Tortugueroは、いくつかの絶滅危ed種と熱帯植物が生息するラグーン保護区であり、プライベートツアーは予約制でのみ利用できます。 この地域への訪問者は、375エーカーのボスケ エスタタールデカンバラチェの森とめったに訪れないグアヤタカの 森 、そして268エーカーの国立公園と世界最長の地下河川システムの。 世界最大の望遠鏡であるアレシボ電波望遠鏡は、アレシボにあります。 訪問者は、展望デッキを訪れ、オンサイトの展示と映画を通して詳細を学ぶことができます。
プエルトリコの西部地域は、サーフィンとビーチ（特にBoquerónとRincón ）で広く知られていますが、ユネスコ世界生物圏保護区に指定された乾燥した森林であるGuanica State Forestもあり、ハイキングコース、スイミングなどがあります。 700種類以上の植物と135種類の鳥。
中央部のウトゥアドでは、7, 000エーカーのリオアバホの森にハイキングと登山のオプションが豊富にあり、コルディレラ中央山脈の最高峰が含まれています。 バランキータスの近くにあるサンクリストバルキャニオンでは、プエルトリコで唯一の火山リフトと、約650フィートの深さで流れる2つの川があります。
ラパルゲラの南の村では、プエルトリコの生物発光湾の1つであるバイアフォスフォレサンテに引き寄せられます。 これらの湾の水は、毒性のない単一細胞プランクトンによって作られた青緑色の光を放ちます。 光は、プランクトンがより食欲をそそる獲物を照らすことにより、捕食者をそらすことができる自然な防御システムであると考えられています。 ここの訪問者は、しばしばカヤックまたは水泳をし、動きが残した光跡を賞賛します。 この地域には、プエルトリコの最高のダイビングスポットが数多くあります。 ブラックウォールは、珍しい黒サンゴにちなんで名付けられ、 ハイライトは、ジェフフィッシュ、トランペットフィッシュ、巨大なチューブスポンジが豊富です。 ポンセのすぐ北にある7, 000エーカーのトロネグロ森林保護区には、標高3, 650フィート（PicoDoñaJuana）、天然温泉、200フィートのDoñaJuana滝があります。
プエルトリコの小さな島々にも広大な自然保護区があります。 クレブラ島では、 ウルティマビルゲン 、またはラストヴァージンとしても知られるクレブラ島の自然野生生物保護区は、クレブラ島自体の3つの沖合の島と土地の領域を包含しています。 1480エーカーの敷地には、120を超える海洋鳥の巣のコロニーがあります。 クレブラには、柔らかく白い砂で有名なフラメンコビーチもあります。 プエルトリコの小さな島、 モナとモニータは、しばしばカリブ海のガラパゴスと呼ばれます。 住民や宿泊施設に汚染されていないこれらの島は、ハイキングやダイビングに適したオプションであり、絶滅危ed種の海洋生物が生息しています。 最後に、 ビエケス島には別の、おそらくより有名な生物発光湾であるモスキート湾があり、水の中を泳いだりカヤックで泳いだりすると、不思議な輝きが見えます。
